Sur la base de suivis longitudinaux des communautés de rongeurs et de leurs parasites en cours depuis 2009 dans plusieurs localités, Christophe Diagne mène des recherches visant essentiellement à analyser les relations entre les variations spatio-temporelles des structures des communautés de parasites (helminthes, bactéries, virus et/ou protozoaires), paramètres écologiques (type de milieu, caractéristiques environnementales) et abondances relatives des différentes espèces de rongeurs hôtes présents au sein des agro-écosystèmes sahéliens au Nord Sénégal. Ces recherches permettent aussi
d’identifier la présence de différents pathogènes potentiellement transmissibles à l’homme ou au bétail, avec des conséquences importantes en termes d’hygiène et de santé publique. Après avoir mené sa thèse et 2 ans de recherche post-doctorales au CBGP à Montpellier, Il est depuis plus d'un an post-doctorant dans l'UMR Écologie, Systématique et Évolution (UMR 8079; Université Paris-Sud / CNRS / AgroParisTech) à Orsay.

Oleg Mediannikov, MD, PhD has graduated from Far Eastern State Medical University (Khabarovsk, Russia) and then he specialized in infectious diseases. He obtained his PhD in Gamaleya Institute in Moscow in 2004 and then followed scientific carreer. He specialized on vector-borne bacterial diseases with a special attention on spotted fevers, borrelioses, bartonelloses and Q fever. Since 2008 he joined IRD as CR then DR. His scientific interests broadened to studies of epidemiology and microbiology of acute febrile diseseases in West Africa and medical entomology. In most cases, these pathologies are zoonotic, so he paid big attention to studies of natural cycle, vectors and reservoirs of zoonotic diseases. Oleg conducts his researches in Marseille, where he leads the team "Etude des microbiotes humains et la culture des bactéries fastidieuses" of the UMR D-258, Microbes, Evolution, Phylogénie et Infection (MEPHI).

Mes activités de recherche se regroupent autour de deux thématiques principales : l’écologie des communautés de rongeurs dans des écosystèmes anthropisés, et les invasions de rongeurs en Afrique de l’Ouest. Mes recherches combinent une forte approche terrain avec une démarche pluridisciplinaire à l’interface biodiversité / santé / sociétés. Je suis membre du Laboratoire Population Environnement Développement (LPED, UMR 151 IRD-AMU) à Marseille depuis 2013. Je mène des suivis annuels des communautés de petits mammifères et de leurs parasites dans le nord du Sénégal depuis 2007. Ces suivis s’intègrent dans l’Observatoire ouest-africain des petits Mammifères Indicateurs des Changements Environnementaux (ObsMiCE) que j’ai initié et structuré en 2016 et dont je préside le comité scientifique. J’ai participé à un projet de recherche de l’OHMi-Tessékéré en 2016 (“Changements environnementaux et évolution des communautés de parasites et de leurs hôtes rongeurs natifs et invasifs au Nord Sénégal”). Je co-dirige actuellement la thèse de Cheikh Tidiane Niang, doctorant sénégalais qui étudie les communautés de rongeurs et de parasites associés dans la vallée du fleuve Sénégal. Je porte actuellement un projet financé par le LabEx OT-Med : R2P - Rice, Rodents & Parasites (“Global change and rodent-borne parasites in rice cultivated areas along the River Senegal”).

Mon activité principale consiste à développer et mettre en place des stratégies moléculaires d’étude
de la variabilité génétique des populations naturelles (vertébrés et pathogènes ou proies associés). Ces méthodes concernent la caractérisation de séquences nucléiques, de génotypes ou de niveaux d’expression géniques de marqueurs moléculaires, à l’échelle de quelques gènes jusqu’au génome / transcriptome. Elles font notamment appel aux technologies de séquençage de nouvelle génération et à leurs applications (metabarcoding, 16S rRNA amplicon sequencing, RADseq, Genotyping By Sequencing, RNAseq).